Perämoottorin syyshuolto tehdään maissa.
Moottorin käytöoppaassa on yleensä yksityiskohtaisia ohjeita käyttäjän suoritettavaksi tarkoitettuja huoltotoimia varten, jos koko moottoria ei ole tarkoitus viedä huollettavaksi johonkin alan liikkeeseen. Perustoimenpiteet ovat kuitenkin varsin samankaltaisia merkistä riippumatta.
Nelitahtikoneeseen tehdään sekä moottori- että vaihteistoöljyn vaihdot. Helpoiten ne ovat toteutettavissa moottorin ollessa vielä lämmin ja öljyn ollessa juoksevaa. Öljyn-, polttoaine- ja ilmansuodattimet vaihdetaan uusiin. Jos kyseessä on kaksitahtimoottori, tarvitsee luonnollisesti vaihtaa ainoastaan vaihteistoöljy.
Öljynvaihdon jälkeen suolavedessä ajettujen moottoreiden jäähdytysjärjestelmä huuhdellaan makealla vedellä korroosion estämiseksi. Tässä yhteydessä moottorin käyttäminen saa myös uuden öljyn kiertämään kaikkialle moottoriin.
Potkurin akseli rasvataan vaseliinilla, ja mikäli perämoottori jää talvisäilytyskentälle telakoituun veneeseen, on potkuri suositeltavaa varastoida kotona varkauksien ehkäisemiseksi. Koneen sytytystulpat tarkastetaan valmistajan ohjeiden mukaan ja tarvittaessa vaihdetaan. Lopuksi tarkastetaan koneiden sinkkianodien kunto ja luodaan koneeseen niin sanottu yleissilmäys.