Jäähdytysongelmat ovat polttoaineongelmien rinnalla varsin yleinen syy matkan katkeamiseen.

Jäähdytysvesipumpun hihnan katkeaminen johtaa nopeasti moottorin ylikuumentumiseen, ja mikäli varahihnaa ei veneestä löydy, on avuntarve todellinen. Hihnan lisäksi myös jäähdytysvesipumpun kuminen siipipyörä on yleinen ongelmien lähde. Vanhan ja hapertuneen siipipyörän siivet lohkeilevat tai irtoavat kokonaan, jolloin pumpun pumppausteho ensin heikkenee ja lopulta loppuu kokonaan.

Parhaiten tähän voi varautua tarkastamalla siipipyörän telakointihuoltojen yhteydessä ja vaihtamalla sen tarpeen vaatiessa uuteen. Siipipyörästä murtuneet kumipalat voivat joissain moottoreissa päästä kulkeutumaan pumppukammiosta eteenpäin, jolloin ne voivat aiheuttaa veneilijälle harmaita hiuksia ja kalliita korjauksia vielä siipipyörän vaihtamisen jälkeenkin.

Moottorin ylikuumeneminen vaurioittaa moottoria nopeasti, joten jäähdytysongelmien kanssa ei parane leikkiä. Vakavammat ja kalliimmat jäähdytysjärjestelmän ongelmat liittyvät erityisesti suolaisen meriveden korroosiota tehostavaan vaikutukseen: pahimmillaan raakavesijäähdytteisissä moottoreissa jäähdytyskanavat ovat voineet syöpyä niin pahasti, että jäähdytysvesi on päässyt suihkuamaan sylintereihin tai sekoittunut moottoriöljyyn. Tuolloin moottori on käytännössä vaihtokunnossa ja kyllä – tällainenkin ongelma voi ilmetä veneilijälle yllättäen kesken matkan.